سیدہ عالم نے اپنے والد بزرگوار رسولِ خدا کی وفات کے 3مہینہ بعد تیسری جمادی الثانی سن ۱۱ ہجری قمری میں وفات پائی . اپ کی وصیّت کے مطابق اپ کا جنازہ رات کو اٹھایا گیا .حضرت علی علیہ السّلام نے تجہیز و تکفین کا انتظام کیا . صرف بنی ہاشم اور سلیمان فارسی (رض)، مقداد(رض) و عمار(رض) جیسے مخلص و وفادار اصحاب کے ساتھ نماز جنازہ پڑھ کر خاموشی کے ساتھ دفن کردیا . اپ کے دفن کی اطلاع بھی عام طور پر سب لوگوں کو نہیں ہوئی، جس کی بنا پر یہ اختلاف رہ گیا کہ اپ جنت البقیع میں دفن ہیں یا اپنے ہی مکان میں جو بعد میں مسجدرسول کا جزوبن گیا۔ جنت البقیع میں جو آپ کا روضہ تھا وہ بھی باقی نہیں رہا۔ اس مبارکروضہ کو 8شوال سن ۱۳۴۴ھجری قمری میں ابن سعود لعنتی نے دوسرے مقابر اہلیبیت علیہ السّلام کے ساتھ منہدم کرادیا۔