كرامات و معجزاتي كه در دوران غيبت صغري, از ناحيه‌ي امام مشاهده مي‌شد، موجب استواري ايمان شيعيان در نقاط دور و نزديك بود, بسيار اتفاق مي‌افتاد كه پيروان از راههاي دور و نزديك به سامراء و بغداد مي‌آمدند و توسط نائبان خاص با امام (عليه‌ السلام) تماس مي‌گرفتند و كراماتي مشاهده مي‌كردند. معجزات امام در اين دوره به قدري زياد است كه ذكر همه‌ي آنها به كتابي جداگانه نياز دارد. مرحوم شيخ طوسي رحمة الله مي‌گويد: معجزاتي كه از آن حضرت در زمان غيبت بوقوع پيوسته است بيش از حد احصاست.

در اينجا به عنوان نمونه چند مورد را نقل مي‌كنيم:

1ـ «علي بن محمد» مي‌گويد: از ناحيه‌ي امام فرماني رسيد كه شيعيان را از زيارت قبور ائمه در «كاظمين و كربلا»‌ نهي فرمود, چند ماه نگذشته بود كه وزير خليفه «باقطاني» را خواست و به او گفت: ‌«بني فرات» (كه وابستگان وزير بودند) و اهالي «برس» (مكاني بين حله و كوفه) را ملاقات كند و به آنان بگويد مقابر قريش در كاظمين را زيارت نكنند زيرا خليفه دستور داده است مأمورين مراقب باشند هر كس به زيارت ائمه (عليهم‌السلام) برود دستگير نمايند.

2ـ «محمد بن سوره‌ قمي» رحمة الله از مشايخ و بزرگان اهل قم نقل مي‌كند:‌ «علي بن حسين بابويه» با دختر عموي خود (دختر محمد بن موسي بابويه) ازدواج كرد اما از او فرزندي نيافت, نامه‌اي به جناب حسين بن روح ـ سومين نايب خاص امام غايب عليه‌ السلام ـ نوشت, و به وسيله‌ي او از امام (عليه‌اسلام) تقاضا كرد كه دعا بفرمايد خدا فرزنداني فقيه به او عنايت كند.

از ناحيه‌ي امام (عليه‌ السلام) پاسخ آمد كه از همسر فعلي خود فرزندي نخواهي داشت ولي به زودي كنيزي ديلمي را مالك مي‌شوي و دو پسر فقيه از او نصيب تو خواهد شد. ابن بابويه سه پسر پيدا كرد (محمد, ‌حسين و حسن) و محمد و حسين دو فقيه خوش حافظه‌اند و مطالبي را حفظند كه هيچكس از اهل قم آن را حفظ نيست, و برادرشان «حسن» كه فرزند دوم است، به عبادت و زهد مشغول است و با مردم الفتي ندارد و از فقه هم بي‌بهره است.

مردم از حافظه‌ي ابوجعفر(محمد) و ابوعبدالله (حسين) دو فرزند علي بن حسين بن بابويه در نقل روايات و احاديث تعجب مي‌كنند و مي‌گويند اين مقام به دعاي امام زمان (عليه‌ السلام) نصيب شما شده است, و اين موضوع در ميان مردم قم مشهور است.