حضرت امام هادی (علیه السلام) پس از پدر بزرگوارش در سن 8 سالگی به مقام امامت رسيد و دوران امامتش 33 سال بود. در اين مدت حضرت علی النقی (علیه السلام) برای نشر احکام اسلام و آموزش و پرورش و شناساندن مکتب و مذهب جعفری و تربيت شاگردان و اصحاب گرانقدر گام‌های بلند برداشت. نه تنها تعليم و تعلم و نگاهبانی فرهنگ اسلامی را امام دهم (علیه السلام) در مدينه عهده‌دار بود، و لحظه‌ای از آگاهانيدن مردم و آشنا کردن آنها به حقايق مذهبی نمي‌آسود، بلکه در امر به معروف و نهی از منکر و مبارزه‌ی پنهان و آشکار با خليفه‌ی ستمگر وقت - يعنی متوکل عباسی - آنی آسايش نداشت. به همين جهت بود که عبدالله بن عمر والی مدينه بنا بر دشمنی ديرينه و بدخواهی درونی، به متوکل خليفه‌ی زمان خود نامه‌ای خصومت‌آميز نوشت، و به آن امام بزرگوار تهمت‌ها زد، و نسبت‌های ناروا داد و آن حضرت را مرکز فتنه‌انگيزی و حتی ستمکاری وانمود کرد و در حقيقت آنچه در شأن خودش و خليفه‌ی زمانش بود، به آن امام معصوم (علیه السلام) منسوب نمود، و اين همه به جهت آن بود که جاذبه‌ی امامت و ولايت و علم و فضيلتش مردم را از اطراف جهان اسلام به مدينه مي‌کشانيد و اين کوته‌نظران دون همت که طالب رياست ظاهری و حکومت مادی دنيای فريبنده بودند، نمي‌توانستند فروغ معنويت امام را ببينند. و نيز مورخان و محدثان نوشته‌اند که امام جماعت حرمين ( = مکه و مدينه ) از سوی دستگاه خلافت، به متوکل عباسی نوشت: «اگر تو را به مکه و مدينه حاجتی است، علی بن محمد (هادی) را از اين ديار بيرون بر، که بيشتر اين ناحيه را مطيع و منقاد خود گردانيده است».

اين نامه و نامه‌ی حاکم مدينه نشان‌دهنده‌ی نفوذ معنوی امام هادی (علیه السلام) در سنگر مبارزه عليه دستگاه جبار عباسی است. از زمان حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) و امام جعفر صادق (علیه السلام) و حوزه چهار هزار نفری آن دوران پربار، شاگردانی در قلمرو اسلامی تربيت شدند که هر يک مشعل‌دار فقه جعفری و دانش‌های زمان بودند، و بدين سان پايه‌های دانشگاه جعفری و موضع فرهنگ اسلامی، نسل به نسل نگهبانی شد و امامان شيعه، از دوره‌ی حضرت رضا (علیه السلام) به بعد، از جهت نشر معارف جعفری آسوده‌خاطر بودند، و اگر اين فرصت مغتنم در زمان امام جعفر صادق (علیه السلام) پيش نيامده بود، معلوم نبود سرنوشت اين معارف مذهبی به کجا مي‌رسيد؟ به خصوص که از دوره‌ی زندانی شدن حضرت موسی بن جعفر (علیه السلام) به بعد ديگر چنين فرصت‌های وسيعی برای تعليم و نشر برای امامان بزرگوار ما - که در برابر دستگاه عباسی دچار محدوديت بودند و تحت‌نظر حاکمان ستمکار – چنان‌که بايد و شايد پيش نيامد. با اين همه، دوستداران اين مکتب و ياوران و هواخواهان ائمه‌ی طاهرين - در اين سال‌ها به هر وسيله‌ی ممکن، برای رفع اشکالات و حل مسائل دينی خود، و گرفتن دستور عمل و اقدام - برای فشرده‌تر کردن صف مبارزه و پيشرفت مقصود و در هم شکستن قدرت ظاهری خلافت به حضور امامان والاقدر مي‌رسيدند و از سرچشمه‌ی دانش و بينش آنها، بهره‌مند مي‌شدند و اين دستگاه ستمگر حاکم و کارگزارانش بودند که از موضع فرهنگی و انقلابی امام پيوسته هراس داشتند و نامه‌ی حاکم مدينه و مانند آن، نشان‌دهنده‌ی اين هراس هميشگی آنها بود.

دستگاه حاکم، کم کم متوجه شده بود که حرمين (مکه و مدينه ) ممکن است به فرمانبری از امام (علیه السلام) درآيند و سر از اطاعت خليفه‌ی وقت درآورند. بدين جهت پيک در پيک و نامه در پی نامه نوشتند، تا متوکل عباسی دستور داد امام هادی (علیه السلام) را از مدينه به سامرا - که مرکز حکومت وقت بود - انتقال دهند. متوکل امر کرد حاجب مخصوص وی، حضرت هادی (علیه السلام) را در نزد خود زندانی کند و سپس آن حضرت را در محله‌ی عسکر سال‌ها نگاه دارد تا همواره زندگی امام، تحت نظر دستگاه خلافت باشد.

برخی از بزرگان مدت اين زندانی و تحت نظر بودن را - بيست سال - نوشته‌اند. پس از آنکه حضرت هادی (علیه السلام) به امر متوکل و به همراه يحيی بن هرثمه که مأمور بردن حضرت از مدينه بود، به سامرا وارد شد