دوران امامت آن حضرت مصادف با ادامه‌ی فشارهای خلفای ستمگر بنی‌امیه مانند: ولید بن عبد الملک، سلیمان بن عبد الملک، عمر بن عبد العزیز،، یزید بن عبد الملک و هشام بن عبد الملک بود که تاریخ، برخورد جنایتکارانه‌ی آنها را با اهل بیت پیامبر(ص) و شیعیان ضبط نموده است .

در آن دوران، عراق به عنوان مرکز اصلی شیعیان بود و همین مسئله باعث وحشت دستگاه اموی شده بود و لذا حاکمان اموی سعی می‌کردند از نزدیک شدن مردم عراق با حضرت باقر(علیه السلام) جلوگیری کنند.

به زعم آنها، مردم عراق شیفته‌ی محمّد بن علیّ(علیهما السلام) بودند و او را «امام» می‌دانستند و از تماس‌ها ممانعت می‌کردند. لکن در مراحل مختلف از جمله مراسم حج و غیره، مردم مسلمان و به خصوص شیعیان عراق با حضرت باقر(علیه السلام) تماس برقرار نموده و دستور می‌گرفتند و یا سؤال‌ها و شبهات فقهی و غیره را با ایشان در میان می‌گذاشتند و پاسخ و راهنمائی می‌شنیدند.

روایت مفصّل و جالبی در تحلیل اوضاع سیاسی شیعه و فشار خلفای نالایق و فاسد، از آغاز دعوت پیامبر(ص)تا زمان امام باقر(علیه السلام) از ایشان نقل شده است که به جهت روشن شدن نظرات حضرت، خلاصه‌ای از آن را نقل می‌کنیم:

«ما اهل بیت[ع] از ستم قریش و صف‌بندی آنان در برابرمان چه‌ها کشیدیم و دوستان و شیعیان ما نیز از دست مردم چه‌ها دیدند. رسول خدا[ص] به هنگام ارتحال از دار فانی دنیا، اعلان کردند، که ما[ائمه] نسبت به مردم از خودشان اولی‌تریم، ولی قریش پشت به پشت کردند تا این امر را از معدن و محور آن خارج ساختند و حق ما را تصاحب کردند.

حکومت در میان قریش دست به دست گردید تا اینکه دوباره به ما اهل بیت(علیه السلام) برگردانده شد، ولی مردم بیعت ما را شکستند و بر علیه ما تدارک جنگ دیدند، به طوری که امیرالمومنین علیّ بن ابی طالب[ع]، تا هنگامی که به شهادت رسید در فراز و نشیب حوادث قرار گرفته بود. سپس با فرزندش، حسن بن علیّ[ع] بیعت کردند ولی به او خیانت کردند … پس از آن با حسین بن علی[ع] با بیست هزار نفر بیعت نمودند ولی به او نیز خیانت ورزیدند…

و پس از آن نیز دائماً مورد تحقیر و ستم قرار گرفتیم و مورد قتل و تهدید واقع شدیم، منکران حق دروغ‌گویان در سراسر کشور اسلامی به جعل حدیث پرداختند و می‌خواستند ما را در میان مردم منفور سازند که این سیاست پس از شهادت حسن[ع] دنبال شد.

چقدر دست و پای شیعیان را با اندک بهانه‌ای قطع کردند و کسانی که به دوستی ما معروف بودند راهی زندان‌ها شدند و اموالشان به غارت رفت تا حجّاج بن یوسف روی کار آمد. او با انواع شکنجه‌ها عرصه را بر پیروان ما تنگ کرد تا جائی که اگر کسی را زندیق و کافر می‌نامیدند، بهتر از آن بود که او را شیعه علیّ امیر المومنین(علیه السلام) بنامند!؟ …».