رابطه پدری و فرزندی بین پیامبر اکرم(ص) و حسنین(علیهما السلام) از خود قرآن اثبات می شود. که یکی از واضح ترین آن ها، آیه مباهله می باشد:
«فَقُلْ تَعالَوْا نَدْعُ أَبْناءَنا وَ أَبْناءَكُمْ وَ نِساءَنا وَ نِساءَكُمْ وَ أَنْفُسَنا وَ أَنْفُسَكُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللَّهِ عَلَى الْكاذِبینَ؛[آل عمران۶۱] به آنها بگو: بیایید ما فرزندان خود را دعوت كنیم، شما هم فرزندان خود را ما زنان خویش را دعوت نماییم، شما هم زنان خود را ما از نفوس خود دعوت كنیم، شما هم از نفوس خود آن گاه مباهله كنیم و لعنت خدا را بر دروغگویان قرار دهیم.»
که طبق شان نزول های مسلم و واضح، مصداق "ابناءنا" امام حسن و امام حسین  (علیهما السلام) می باشند.

همچنان که قرآن، تنها فرزند بلاواسطه را فرزند نمی داند. کما اینکه فرزند دختر را نیز فرزند معرفی می کند. و نمونه آن حضرت عیسی(ع) است که پدری نداشته و به دلیل مادر، از فرزندان حضرت ابراهیم(ع) شمرده شده است:
«وَ مِن ذُرِّیَّتِهِ دَاوُدَ وَ سُلَیْمَنَ وَ أَیُّوبَ وَ یُوسُفَ وَ مُوسىَ‏ وَ هَرُونَ  وَ كَذَالِكَ نجَزِى الْمُحْسِنِینَ * وَ زَكَرِیَّا وَ یحَیىَ‏ وَ عِیسىَ‏ وَ إِلْیَاسَ؛[انعام، ایات ۸۴و۸۵] از فرزندان او، داوود و سلیمان و ایّوب و یوسف و موسى و هارون را (هدایت كردیم) این گونه نیكوكاران را پاداش مى ‏دهیم!  و (همچنین) زكریّا و یحیى و عیسى و الیاس را»

پس شکی نیست که اطلاق فرزندی پیامبر(ص)، به امام حسن و امام حسین(ع) صحیح است. اما آیه ای که مد نظر سوال می باشد، مربوط به داستان ازدواج پیامبر(ص) با جناب زینب می باشد و سخن ناظر به فرزند دانستن زید است، که فرزند خوانده پیامبر بوده و نباید احکام واقعی فرزند را به او نسبت داد:
«فَلَمَّا قَضىَ‏ زَیْدٌ مِّنهْا وَطَرًا زَوَّجْنَكَهَا لِكَىْ لَا یَكُونَ عَلىَ الْمُؤْمِنِینَ حَرَجٌ فىِ أَزْوَاجِ أَدْعِیَائهِمْ إِذَا قَضَوْاْ مِنهْنَّ وَطَرًا  وَ كاَنَ أَمْرُ اللَّهِ مَفْعُولًا *  ... مَّا كاَنَ محُمَّدٌ أَبَا أَحَدٍ مِّن رِّجَالِكُمْ»[احزاب، آیات ۳۷ تا۴۰]
بنابراین منظور این آیه اولا نسبت به زمان نزول آیه است. (ما کان) ثانیا منظور رابطه تکوینی است. ثالثا تعبیر رجال دارد که شامل افراد نابالغ نمی شود و در آن زمان حسنین (علیهما السلام) به بلوغ نرسیده بودند تا اطلاق رجال به آن ها صحیح باشد.

اگر آیه را با این نکات در نظر نگیریم، دچار ابهام های دیگری نیز می شویم. چون پیامبر (ص) فرزندانی داشتند که قبل از رسیدن به سن بلوغ از دنیا رفتند. (" قاسم" و" طیب" و" طاهر" و" ابراهیم") از سویی خودشان می فرمایند که پدر این امت هستند «یَا عَلِیُّ أَنَا وَ أَنْتَ أَبَوَا هَذِهِ الْأُمَّة»[۱] و از سوی دیگر دلایل قطعی رابطه فرزندی پیامبر و حسنین (علیهم السلام) را اثبات می کند.

[۱]. أمالی الصدوق، ص ۶۵۷، المجلس الرابع و التسعون‏.