اولا می توان گفت که فیزیک و شیمی علمی غیر دینی نیستند! و شاهد مطلب آنکه در تمدن گذشته کشورهای اسلامی، تمام این علوم در حوزه های علم دینی، رشد می یافت و عالمان دینی، محققان آن بودند.

و از نظر یک مومن که تمام جهان را فعل خدای متعال می داند، شیمی و فیزیک و ... شناخت افعال الهی است. و تکفکیک این علوم، از علوم دینی، ناشی از نگاه های سکولار است که در ما نیز رخنه کرده و حتی در مدارس ما، درس و کتابی به عنوان کتاب دینی، از سایر کتاب ها جدا شده است. که جدیدا اصلاحاتی انجام داده اند و نوع نگاه به آموزش های مطالب عقیدتی را تغییراتی داده اند. که آن کتاب راه و رسم زندگی است! نه آنکه یک درس دینی باشد و باقی غیر دینی!

ثانیا اگر سخن از تناقضات این علوم، با آموزه های علوم دینی است، در خود این علوم نیز می توان تعارض ها و تناقض هایی بین نظرات دانشمندان آن رشته دید. و این مساله، ما را متوجه آن می کند که هر دستاورد بشری را حق مطلق نبینیم.

ثالثا تعارض منطقی ای نمی تواند بین دین و علوم مادی، به وجود بیاید. چرا که دین، از عوالم غیب می گوید و علوم مادی با ابزارهای مادی، تنها در حد ماده می توانند اظهار نظر کنند. و با توجه به تفکیک بین موضوعات این دو، چگونه می توان تعارضی منطقی دید؟ (جز آنکه دین در مسائلی مادی اظهار نظر کرده باشد)

رابعا در مواردی که ادعای تعارض شده است، باید به نحو جزئی و موردی وارد شد. آن گاه خواهیم دید که در بسیاری از موارد تعارض ها، نه به دلیل تجربه ها و ادراکات حواس، بلکه به دلیل پیش فرض های فلسفی و غیر تجربی حاکم بر گزاره های علمی است. چرا که فلسفه به مثابه ریشه علوم است و فلسفه خدا ستیز و کفر مآب غرب، طبیعتا در علوم آن دیار نشو و نما یافته و در آن، بروز و ظهور می کند.

خامسا  کج فهمی آموزه های دینی نیز تاثیری جدی بر تلقی تعارض دارد. و در مواردی که احساس تعارض می شود، اگر ادعای دین حق، درست درک شود، خواهیم دید که تعارضی وجود ندارد.

به عنوان نمونه کسانی که فکر می کنند، نظریه تکامل با نظریه ادیان تعارض دارد، گویی تصور کرده اند که خدا نیز بخشی از امور مادی را به عهده داشته و تنها علت گوشه ای از نظام هستی بوده که حال با نظریه تکامل خدا بیکار شده  و برای او جایی باقی نمانده است! در حالی که خدای متعال هرگز نباید در عرض علل مادی دیده شود و اصلا در عالم ماده، جز علل معده وجود ندارد و علت حقیقی تنها خداست. همچنان که قدمت حضرت آدم (ع) آن قدر نیست که با نظریه داروین بخواهیم شیوه خلق ایشان را توضیح دهیم. گذشته از آنکه عده ای مراحل تدریجی شکل گیری آدم و حوا را به طور بسیار روشن از متون دینی استفاده کرده اند.

به هر حال برای هر موردی که احساس تعارض می شود، باید بحثی جداگانه دایر نمود و با دقت در ابعاد مساله، وجه تلقی تعارض را به دست آورد.