والی بغداد اسحاق بن ابراهيم طاهری از آمدن امام (علیه السلام) به بغداد با خبر شد، و به يحيی بن هرثمه گفت:

ای مرد، اين امام هادی فرزند پيغمبر خدا (صلّی الله علیه و آله و سلّم) مي‌باشد و مي‌دانی متوکل نسبت به او توجهی ندارد. اگر او را کشت، پيغمبر (ص) در روز قيامت از تو بازخواست مي‌کند. يحيی گفت: به خدا سوگند متوکل نظر بدی نسبت به او ندارد. نيز در سامرا، متوکل کارگزاری ترک داشت به نام وصيف ترکی. او نيز به يحيی سفارش کرد در حق امام مدارا و مرحمت کند. همين وصيف خبر ورود حضرت هادی(علیه السلام) را به متوکل داد. از شنيدن ورود امام (علیه السلام) متوکل به خود لرزيد و هراسی ناشناخته بر دلش چنگ زد. از اين مطالب که از قول يحيی بن هرثمه مأمور جلب امام هادی (علیه السلام) نقل شده است، درجه‌ی عظمت و نفوذ معنوی امام در متوکل و مردان درباری به خوبی آشکار مي‌گردد، و نيز اين مطالب دليل است بر هراسی که دستگاه ستمگر بغداد و سامرا از موقعيت امام و موضع خاص او در بين هواخواهان و شيعيان آن حضرت داشته است. باری، پس از ورود به خانه‌ای که قبلاً در نظر گرفته شده بود، متوکل از يحيی پرسيد: علی بن محمد چگونه در مدينه مي‌زيست؟ يحيی گفت: جز حسن سيرت و سلامت نفس و طريقه‌ی ورع و پرهيزگاری و بي‌اعتنايی به دنيا و مراقبت بر مسجد و نماز و روزه از او چيزی نديدم، و چون خانه‌اش را - چنانکه دستور داده بودی - بازرسی کردم، جز قرآن مجيد و کتاب‌های علمی چيزی نيافتم. متوکل از شنيدن اين خبر خوشحال شد، و احساس آرامش کرد. با آنکه متوکل از دشمنان سرسخت آل علی (علیه السلام) بود و بنا به دستور او بر قبر منوّر حضرت سيدالشهداء (علیه السلام) آب بستند و زيارت کنندگان آن مرقد مطهر را از زيارت مانع شدند، و دشمنی يزيد و يزيديان را نسبت به خاندان رسول اکرم (ص) تازه گردانيدند، با اين همه در برابر شکوه و هيبت حضرت هادی (علیه السلام) هميشه بيمناک و خاشع بود.

مورخان نوشته‌اند: مادر متوکل نسبت به مقام امام علی النقی (علیه السلام) اعتقادی به سزا داشت. روزی متوکل مريض شد و جراحتی پيدا کرد که اطباء از علاجش درماندند. مادر متوکل نذر کرد اگر خليفه شفا يابد، مال فراوانی خدمت حضرت هادی (علیه السلام) هديه فرستد. در اين ميان به فتح بن خاقان که از نزديکان متوکل بود گفت: يک نفر را بفرست که از علی بن محمد درمان بخواهد شايد بهبودی يابد. وی کسی را خدمت آن حضرت فرستاد. امام هادی فرمود: فلان دارو را بر جراحت او بگذاريد به اذن خدا بهبودی حاصل مي‌شود. چنين کردند، آن جراحت بهبودی يافت. مادر متوکل هزار دينار در يک کيسه‌ی چرمی سر به مهر خدمت امام هادی (علیه السلام) فرستاد. اتفاقاً چند روزی از اين ماجرا نگذشته بود که يکی از بدخواهان به متوکل خبر داد دينار فراوانی در منزل علی بن محمد النقی ديده شده است. متوکل سعيد حاجب را به خانه‌ی آن حضرت فرستاد. آن مرد از بالای بام با نردبان به خانه‌ی امام رفت. وقتی امام متوجه شد، فرمود همان‌جا باش چراغ بياورند تا آسيبی به تو نرسد. چراغی افروختند. آن مرد گويد: ديدم حضرت هادی به نماز شب مشغول است و بر روی سجاده نشسته. امام فرمود: خانه در اختيار توست. آن مرد خانه را تفتيش کرد. چيزی جز آن کيسه‌ای که مادر متوکل به خانه‌ی امام فرستاده بود و کيسه‌ی ديگری سر به مهر در خانه وی نيافت، که مهر مادر خليفه بر آن بود. امام فرمود: زير حصير شمشيری است آن را با اين دو کيسه بردار و به نزد متوکل ببر. اين کار، متوکل و بدخواهان را سخت شرمنده کرد. امام که به دنيا و مال دنيا اعتنايی نداشت، پيوسته با لباس پشمينه و کلاه پشمی روی حصيری که زير آن شن بود مانند جد بزرگوارش علی (علیه السلام) زندگی مي‌کرد و آنچه داشت در راه خدا انفاق مي‌فرمود. با اين همه، متوکل هميشه از اينکه مبادا حضرت هادی (علیه السلام) بر وی خروج کند و خلافت و رياست ظاهری بر وی به سر آيد، بيمناک بود. بدخواهان و سخن‌چينان نيز در اين امر نقشی داشتند.

روزی به متوکل خبر دادند که: «حضرت علی بن محمد در خانه‌ی خود اسلحه و اموال بسيار جمع کرده و کاغذهای زياد است که شيعيان او، از اهل قم، برای او فرستاده‌اند». متوکل از اين خبر وحشت کرد و به سعيد حاجب که از نزديکان او بود دستور داد تا بي‌خبر وارد خانه‌ی امام شود و به تفتيش بپردازد. اين قبيل مراقبت‌ها پيوسته - در مدت 20سال که حضرت هادی (علیه السلام) در سامره بودند - وجود داشت.