یکی از مباحث چالش بر انگیز در حوزه اندیشه سیاسی بحث ورود روحانیت به حوزه حکومت است. این بحث پیشینه تاریخی زیادی دارد و در میان رو حانیون، بویژه بزرگان حوزه از مراجع تقلید تا مجتهدان و اساتید و فضلای حوزه، همواره اظهار نظر های گو ناگون و گاه کاملا مخالف با هم مطرح شده است. نهایتا می توان دو دیدگاه کلی را از متن حوزه ها به دست آورد:

1) شایسته نیست که روحانیت خودرا درگیر امر حکومت کند زیرا هم به خود و هم به دین و باور مردم ضربه می زند؛ چون روحانیت همواره به عنوان متولیان امر دین شناخته شده اند؛ عدم توفیق در اداره شایسته حکومت سبب می شود که مردم روحانیت و نهایتا دین را در اداره جامعه و حکومت ناتوان بدانند. واین امر سبب رویگردانی از رو حانیت و دین خواهد شد. روحانیت وظیفه نظارت و مراقبت از حکومت را از باب امر به معروف و نهی از منکر و نصیحت پیشوایان مسلمین، به عهده دارند.

2) روحانیت جانشینان پیامبر وامامان معصوم(ع) هستند و در عصر غیبت از ناحیه امام زمان(عج) موظف به تشکیل حکومت دینی واداره جامعه و اجرای حدود و قوانین شرع مقدس هستند. هیچ ایرادی ندارد که روحانیون خود در اداره حکومت نقش داشته باشند؛ و ضعف ها به پای دین گذاشته نمی شود بلکه به پای افراد خواهد بود. ورود روحانیت به عرصه سیاست برای تشکیل و اداره حکومت یک تکلیف الهی است. وغفلت از آن موجب معصیت و پاسخگویی در آخرت است.

 بر اساس همین دو تفکر مشاهده می شود که فقها در باب ولایت فقیه، تشکیل حکومت دینی یا اسلامی، مبارزه با حکومت های فاسد، اجرای حدود الهی و آنچه که به امر سیاست بر می گردد، دارای دیدگاههای گوناگونی هستند. کتابهای فقهی علمای متقدم و متاخر شیعه از این اختلاف نظرها پر است؛ و سیره عملی آنان هم شاهد بر این مدعا است.

یکی از دورانهای حضور فعال و چشمگیر رو حانیت شیعه و بویژه بزرگانی از مراجع تقلید و فقهای به نام، دوره مشروطیت است که به همت مرحوم آخوند خراسانی و همراهی عالمان برجسته دیگر همچون ملا عبد الله مازندرانی و میرزا حسین خلیلی تهرانی و سایرین، وپشتوانه و خواست عمومی مردم جامه عمل پوشید؛  استبداد جای خودرا به حکومت مشروطه داد و مجلس در امور مملکتی صاحب تصمیم، قدرت و نظارت گردید.

نقش موثر و مثمر ثمر روحانیت سبب گردید که برخی از علما به فکر تاسیس حکومت اسلامی و یا دینی بیفتند که در راس آن یکی از فقها ومراجع باشد. مرحوم شیخ آقا بزرگ تهرانی که از اصحاب مجلس فتوای آخوند خراسانی بوده است؛ از آنچه که در اطراف مرحوم آخوند گذشته، برای نوه برادری خود جناب آقای اکبر ثبوت (که مشغول تحصیل در نجف بوده است ) خاطراتی را بیان کرده است. البته نقدهایی به سند تاریخی این نقل قول وارد شده است.