پس از تصويب و تأسيس قانون اساسي ژاپن در مورخ 1889 م كه بر طبق آن آزادي عقيده ی مذهبي به تمام افراد مملكت عطاء گرديد، آئين شينتو به صورت هاي مختلف متشكل شده و مانند ساير مذاهب جهان چون بودايي و مسيحي و غيره به شعب و فرقه هايي چند، منشعب شد، قبل از جنگ دوم جهاني، دفتر ملي مذهب ژاپن سيزده فرقه ی آنها را احصاء كرده است كه هر كدام استقلال خاصي دارد و به هزينه ی معتقدين و مؤمنين خاص خود اداره مي شود و هر كدام صاحب نام و نشاني جداگانه است.

هم اكنون تعداد اين فرقه ها را تا 800 فرقه ثبت كرده اند كه هر يك داراي عقايد و رسوم جداگانه مي باشد، ولي همه در چارچوبه ی دين شينتو قرار دارند و به هزينه ی معتقدان خاص هر فرقه اداره مي شود.

بعد از جنگ دوم جهاني كه حكومت به كلي از مذهب جدا شد، بر عدد اين فرقه ها و احزاب ديني افزوده گشت كه هر يك داراي عقايد و رسوم جداگانه مي باشند. با اين وجود همه در چارچوبه ی دين شينتو قرار دارند. اين فرقه ها در اثر نفوذ مبادي و اصول كلامي ساير مذاهب يا با اقتباس از مباني علمي و رواني مدرن به وجود آمده اند و هر كدام به نوبه ی خود جوابگوي احتياجات نظري مردم اند و مدعي هدايت به سوي حقيقت نهايي و آسايش و آرامش روحي سالك مي باشند.

فرقه هاي اوليه در دين شينتو:

دين شينتو قبل از هر چيز به دو فرقه تقسيم مي شود:

1. شينتوي معابد رسمي يا دولتي:

2. شنتوي قبيله اي يا مذهبي:

تا پايان جنگ جهاني اول، شينتوي معابد رسمي، آيين حكومت ژاپن بود. محور اصلي اين فرقه، حكومت الهي امپراتوران است و بنا به اعتقاد آنان امپراتور (ميكادوتينو) جانشين الهه ی بزرگ «اما تراسو» است و بر هر ژاپني واجب است كه در برابر اراده ی مقدس او سر فرود آورد. قصر امپراطور جاي مقدسي است و آرامگاه امپراطور متوفي به زيارتگاهي مبدل مي شد. لكن اين نوع از آيين شين تو بعد از جنگ جهاني دوم ملغي شد.

نفي قطعي شينتو به مثابه ی يك كيش رسمي حكومت در ماده ی 20 قانون اساسي ژاپن كه در سوم نوامبر 1946 انتشار يافت و به اين شكل آمده است: «آزادي دين براي همه تضمين مي شود، هيچ سازمان ديني، نه از دولت امتيازاتي مي گيرد و نه هيچ گونه اقتدار سياسي اِعمال مي كند. هيچ شخصي به شركت در اقدام ديني، مراسم، آداب يا كاري مجبور نخواهد شد. دولت و ارگان هايش از آموزش ديني يا از هر فعاليت ديني ديگر خودداري خواهند كرد.»

معابد شينتوي قبيله اي يا مذهبي و رهبري و مركزيت آن:

بعد از توقف فعاليت معابد رسمي در سال 1946 «انجمن معابد شينتويي» تأسيس گرديد. از تمام معابد شينتويي دعوت به عمل آمد كه در اين انجمن شركت نمايند كه بيش از 8000 نفر اين دعوت را پذيرفتند، اين انجمن را مجمع مشاوريني كه از سازمان هاي منطقه اي شينتويي تشكيل يافته، اداره مي كند. ايشان از بين خود يك نفر را به مقام دبير كل اداري مجمع انتخاب مي كنند كه مسئول تمام تصميم گيري هاي مهم است. در سطح محلي، معابد را عابدان محل و كميته اي از اهالي محل كه در آن معبد عبادت مي كنند،  اداره مي كنند. مركز انجمن معابد شينتويي در توكيو مي باشد.

دانشگاه كوكوگائين كه تنها دانشگاه شينتويي در سرتاسر ژاپن مي باشد، با انجمن معابد شينتويي همكاري مي كند. امروزه صدها گروه و فرقه ی ديني در ژاپن وجود دارد. در حالي كه هر گونه فهرست بندي و اشاره به تمام اين فرقه هاي جديد غير ممكن به نظر مي رسد، در يك تقسيم بندي كلّي مي توان آنها را در سه گروه متمايز تفكيك كرد:

1. فرقه هايي كه تحت تاثير دين شينتويي مي باشند.

2. فرقه هايي كه از بودا تأثير گرفته اند.

3. فرقه هايي كه تحت تأثير تركيبي از دين شينتو و بودا و مسيحيت قرار گرفته اند.