اوضاع سیاسی در دوران حضرت امام محمد باقر(علیه السلام) نیز بهتر از آنچه که در زمان آباء و اجداد طاهرینش(علیه السلام) و شیعیان آنها پیش آمد، نبود. برخی از مسائل دوران امامت آن حضرت، مقارن با حکومت ظالمانه‌ی هشام بی عبدالملک اموی بود. او مانند دیگر خلفای اموی شدیداً به مقام و منزلت حضرت باقر(علیه السلام) در بین مسلمانان رشک برده، در راه تصرف حکومت و کنار زدن امام(علیه السلام)، از هیچ جنایتی خودداری نمی‌کرد.

عظمت علمی و معنوی امام باقر(علیه السلام)، چنان گیرا و جذّاب بود که حتی خلفای اموی و دشمنان را به کرنش و تعظیم وا می‌داشت. البته به غیر از عراق، در مکه و مدینه نیز شیعیان اندکی وجود داشتند که تعداد آنها نسبت به شیعیان عراق کمتر بود و در میان اصحاب و یاران حضرت، تعداد ۴۹۷ نفر از آن‌ها در رجال طوسی نام برده شده‌اند که رابطه‌شان با امام(علیه السلام) قوی بوده و در کتب اهل سنت، اشخاص بسیار زیادی نام برده می‌شوند که از حضرت حدیت نقل کرده‌اند ولی جزو اصحاب ایشان به حساب نمی‌آیند.

تعداد شیعیان اگرچه زیاد بود، ولی چنانچه گذشت، به منظور جنبش و قیام عمومی (که بتوان به پیروزی رسید و بر اساس اسلام و مسلمین ضربه‌ای وارد نشود) نمی‌شد به آنان اکتفا کرد و اوضاع سیاسی و مصلحت اسلام هم (که تشخیص آن با امام معصوم و حجت خدا در روی زمین است)، اجازه‌ی چنین حرکتی را نمی‌داد.

از میان اصحاب خاص ایشان چند نفر بیش از دیگران شهرت دارند و مقدار زیادی از احادیث شیعه در جوامع حدیث از طریق آن‌ها نقل شده است که می‌توان از زاره بن اعین ، برید بن معاویه، ابان بن تغلب، ابو بصیر، هشام بن سالم، محمّد بن مسلم، کمیت اسدی، جابر بن یزید نام برد و بعضی از این افراد تا زمان امام صادق(علیه السلام) نیز زنده بودند و از آن حضرت نیز احادیث زیادی روایت کرده‏اند و وظایف مهمی را در عصر امام صادق(علیه السلام) انجام داده‌اند.

مثلاً محمّد بن مسلم می‌گوید: از امام باقر(علیه السلام) سی هزار حدیث و از امام صادق(علیه السلام) شانزده هزار حدیث سؤال کردم و جواب آنها را برای من فرمودند.

امام صادق(علیه السلام) فرمود: « احادیث پدرم را کسی جز زراره و ابو بصیر مرادی و محمّد بن مسلم و برید حفظ نکردند، اینها حافظان دین هستند و در دنیا و آخرت به سوی ما سبقت گرفته‌‏اند».

امام باقر (علیه السلام) و بر خورد با غلات

مشکل مهم در آن زمان، مسئله غلات بود که تعداد آنها رو به فزونی گذاشته بود. آنان با سوءاستفاده از روایات امام باقر(علیه السلام) و نسبت دادن احادیث جعلی به حضرت، می‌کوشیدند از حیثیت شیعی برخوردار شوند و با کشاندن شیعیان به جمع خود به اغراض سیاسی‌شان جامه‌ی عمل بپوشانند. به خصوص زمانی که امام باقر(علیه السلام) در مدینه تشریف داشتند. اما حضرت آنها را طرد می‌کردند و دستور می‌دادند که اصحاب و دوست‌داران ایشان نیز آنها را طرد نمایند. مثلاً یفره بن سعید و بیان بن سمعان را که از رهبران غلات بودند، توسط اصحاب امام باقر(علیه السلام) تکفیر شدند.

غلات سعی می‌کردند با وانمود کردن اطاعت ظاهری از امام باقر(علیه السلام)، خود را از عمل به وظائف اسلامی معاف دانسته ولی امام(علیه السلام) مکرّر به لزوم عمل صالح تأکید می‌فرمودند و سعی در خنثی نمودن اندیشه‌ی انحرافی غلات می‌کردند.

حضرت می‌فرمودند: «شیعیان ما اطاعت کنندگان خدا هستند».

همچنین می‌فرمودند: «شیعیان ما اهل زهد و عبادت هستند، افرادی که شبانه روزی پنجاه و یک رکعت نماز بجای می‌آورند، شب‌ها در حال عبادت و روزها، روزه‌دار و زکات اموال خود را می‌پردازند و به زیارت خانه‌ی خدا رفته و از محرّمات الهی اجتناب می‌کنند».

مسئله‌ی دیگر قابل ذکر این است که امام باقر علیه السلام نسبت به مردم عراق و میزان پایداری و اطاعت آنها در راه و اهداف عالیه‌ی اسلامی اعتماد نداشتند، گرچه آنها بشدت اظهار علاقه می‌کردند، اما به دلائلی که بعضی از آنها به سوابق تاریخی مردم کوفه و رفتار آنها با امام علیّ، امام حسن و امام حسین(علیهم السلام) بر می‌گردد، امام باقر(علیه السلام) اعتماد نداشتند و در جواب یکی از شیعیان که گفت: اصحاب و یاران ما در کوفه جمعیتی زیاد هستند و شما را اطاعت می‌کنند، فرمودند: «آنها به خونهای خود بخیل‌تر هستند».

با توجه به این مسائل(کمی یاران و انصار واقعی و خالص) حضرت امام باقر (علیه السلام)، مصلحت اسلام و حفظ آن را در رعایت تقیّه می‌دانستند و علی‌رغم فشاری که مردم عراق از حاکمان ستمگر و ظالم اموی متحمل می‌شدند، قیام نفرمودند و این مسئله باعث شد که تعداد زیادی در امامت ایشان تردید کردند و لذا انشعاباتی در میان آنها رخ داد و عده‌ای به امامت برادرش زید معتقد شدند، ولی امام باقر(علیه السلام) همواره شیعیان را به صبر و بردباری در برابر مشکلات و مقاومت و خویشتن‌داری توصیه می‌فرمودند.